Wie gestaltete sich die Situation von Cremona im Mittelalter? In 1098 schenkte die Gräfin von Canossa den Vertretern der Kirche und der Stadt Cremona die Insel Fulcheria, die zwischen den Flüssen Adda und Serio liegt. In diesem Zusammenhang wird zum ersten Mal der Namen der Gemeinde erwähnt und daher nimmt man an, dass von diesem Datum ab die Stadt Cremona nun eine freie Gemeinde war. Während des zwölften Jahrhunderts erlangte Cremona einen bemerkenswerten Reichtum und ihre Blütezeit, dank der sich entwickelnden Wasserstraßen mit ihrem Handel, was wiederum die verschiedenen Formen der Stadtregierung stärkte. Zur gleichen Zeit brachte die politische und wirtschaftliche Bedeutung der Stadt eine Erneuerung der Gebäudestrukturen mit sich. Heutzutage würde man von einem Bauboom sprechen. Dieser fand seinen Höhepunkt in der Konstruktion des einzigartigen Gebäudekomplexes und der „Piazza“, dem Marktplatz – noch heute der Anziehungspunkt und das Zentrum für alle Cremonesen und Besucher.  Hier wurde die Einheit von Kirche und Gemeinde mit der Errichtung des neuen Doms im Jahre 1107 geschaffen. Es war das erste Zentrum des Zusammenlebens, ein Ort nicht nur fürs Gebet, sondern das Zuhause für alle Bürger. Auf dem Platz wurden Fahnen aufgestellt, Vereidigungen vorgenommen, Sitzungen abgehalten und Entscheidungen über das öffentliche Leben getroffen, bis im Jahre 1206 gegenüber der Kathedrale das Rathaus errichtet wurde.

Zwischen 1169 und 1187 wurde die Stadtentwicklung durch den Bau einer neuen großen Stadtmauer komplettiert, die die Altstadt in die Form brachte, die sie noch heute charakterisiert. Die Kaiser gestanden Cremona mehrere Privilegien zu. Dies belegt die pro-imperialen Politik der Stadt bis zur ersten Hälfte des dreizehnten Jahrhunderts: Der Politik Friedrich Barbarossas folgend, gegen Crema und Mailand gerichtet, übernahm die Stadt eine Rolle als Mittler zwischen dem Kaiser und den Gemeinden, und kein Soldat aus Cremona kämpfte in der Schlacht von Legnano 1176.

Immer von Loyalität und gegenseitiger Unterstützung gekennzeichnet waren die Beziehungen zwischen Cremona und Friedrich II, der Enkel von Barbarossa. So war die Stadt der Sitz des kaiserlichen Heeres im Kampf gegen die lombardischen Kommunen und Gastgeber für die häufigen Aufenthalte des Kaisers und seines Hofstaats. Nach dem Tod des Kaisers im Jahr 1250 begann für die Stadt eine lange Periode der internen Kämpfe zwischen den gegnerischen Fraktionen der klerikalen Welfen und den antiklerikalen Gibellinen, die bis 1334 andauerten, dem  Jahr, in dem Cremona von Azzone Visconti, dem Herrscher Milans, erobert wurde. Dies setzte der Gemeindeautonomie ein Ende. Cremona wurde der Flusshafen von Mailand.  Durch den Handel und die Schifffahrt auf dem Po zog man Nutzen für die Wirtschaft, die auch auf positive Ergebnisse aufgrund einer blühenden Landwirtschaft und einer reichen Textilindustrie zählen konnte. Ab 1420, nach einer kurzen Zeit der Krise der Herrschaft Visconti s, wurde die Stadt zu Beginn des fünfzehnten Jahrhunderts endgültig Teil des Herzogtums von Mailand und blieb es bis zur Einigung Italiens. In 1441 gab es die Hochzeit zwischen Francesco Sforza und Bianca Maria Visconti, die der Stadt eine Mitgift brachten: Die Geburt der Torrone, einem weißen Nougat. Ihre Tradition geht zurück auf dieses Ereignis, da diese Süßigkeit zum ersten Mal in der Form eines Turms auf dem Hochzeitsbankett serviert wurde. Und diese lukullische Innovation wird heutzutage jährlich mit dem „Festa del Torrone“ gefeiert. Für Cremona war es eine Zeit des Wohlstands und der Ruhe aufgrund der weisen Regierung von Bianca Maria Visconti, die vom Volk sehr geliebt wurde. Die Herzogin begünstigte die Sanierung einer Reihe von öffentlichen Bauwerken, an  die sich die wohlhabenden Kaufmannsfamilien mit der Errichtung von prächtigen Patrizierhäusern anpassten. In der zweiten Hälfte des fünfzehnten Jahrhunderts nahm Cremona den eleganten und raffinierten Stil der Renaissance an, der auch heute noch sowohl in den Palästen als auch in den Kirchen sichtbar ist.